Letoon Antik Kenti’nin varlık sebebi, Yunan mitolojisinin en dokunaklı hikayelerinden birine dayanır. Tanrıça Leto, Zeus’tan hamile kaldığında, Hera’nın kıskançlığından kaçmak zorunda kalır. Efsaneye göre, ikiz çocukları Artemis ve Apollon’u doğurmak için sığındığı yer, Anadolu’nun güneybatısındaki Likya topraklarıdır. Bazı kaynaklar Apollon’un Patara’da, bazıları ise Delos Adası’nda doğduğunu söylese de, Leto’nun bu topraklardaki varlığı Letoon’un kutsallığının temelini oluşturur.
Bir başka efsaneye göre, Leto yorgun ve susuz bir haldeyken bir su kaynağından içmek ister. Ancak köylüler buna izin vermez. Öfkelenen Leto, onları kurbağaya dönüştürür ve bu olay, bölgedeki kutsal su kaynağının (Nymphaion) hikayesini doğurur. Letoon’daki üç tapınak, bu mitolojik anlatının taşlaşmış halidir: Leto, Apollon ve Artemis’e adanan yapılar, bir annenin ve çocuklarının kutsal bir sığınakta bir araya gelişini simgeler. Bu hikaye, Letoon’u sadece arkeolojik bir alan değil, aynı zamanda canlı bir mitoloji durağı haline getirir.